No ano de 2004, iniciaram-se as atividades de Educação a Distância na UFSJ, com a adesão ao Consórcio Pró-Formar em parceria com a Universidade Federal de Lavras, Universidade Federal de Mato Grosso, Universidade Federal de Ouro Preto, Universidade do Estado de Mato Grosso, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul e Universidade Federal do Espírito Santo. Atendendo ao Edital 001/2005 do Programa Universidade Aberta do Brasil (UAB), a UFSJ recebeu o seu credenciamento provisório para oferta de cursos na modalidade EaD. No ano de 2008 o Núcleo de Educação a Distância (NEAD) foi institucionalizado, por meio da Resolução n° 012, de 27 de março de 2008, sendo uma unidade administrativa vinculada à Reitoria, com competência para implementar políticas e diretrizes para a Educação a Distância (EaD), estabelecidas no âmbito da Universidade Federal de São João del Rei (UFSJ), bem como garantir a implantação, a implementação, o desenvolvimento e o aperfeiçoamento do processo educativo na modalidade EaD, por meio de ações didático-pedagógicas, tecnológicas e administrativas adequadas.

O Programa Universidade Aberta do Brasil (UAB), instituído pelo Decreto 5.800, de 8 de junho de 2006, tem sido a principal fonte de recursos para a implementação da modalidade EaD na UFSJ. Além do suporte ao oferecimento de cursos a distância, o NEAD/UFSJ tem como objetivo apoiar os cursos presenciais oferecidos pela UFSJ por meio da aplicação de novas tecnologias, contribuindo para o permanente aprimoramento das práticas de ensino e aprendizagem.

Em 2012, a UFSJ passou por avaliação do INEP, recebendo o seu credenciamento na modalidade EaD. A UFSJ tem oferecido cursos de graduação, de pós-graduação lato sensu e stricto sensu, de extensão, de aperfeiçoamento nessa modalidade.

Desde o segundo semestre de 2008, está em funcionamento na UFSJ um Ambiente Virtual de Aprendizagem (AVA) próprio, concebido para que os docentes utilizem como ferramenta de apoio à sala de aula presencial e semipresencial: o Portal Didático. Apropriando-se de ferramentas a priori destinadas à modalidade EaD, os cursos oferecidos na modalidade Educação Presencial (EDP) têm se beneficiado deste ambiente, tanto para oferta de unidades curriculares, quanto para uso de até 20% de sua carga horária total na modalidade EaD, segundo legislação vigente.